Es la parte del territorio aduanero nacional que no comprende la zona primaria aduanera. Es decir, que aquellos lugares no habilitados por la autoridad aduanera para la recepción, almacenamiento, movilización, cargue y descargue de mercancías objeto de comercio internacional, se constituyen en zona secundaria aduanera.

Por lo tanto, las mercancías nacionales o de precedencia extranjera bajo control aduanero que deban transitar por estas zonas, deben estar acompañadas de uno de los siguientes documentos:

1. Declaración del régimen aduanero (importación, exportación o tránsito)
2. Planilla de envío (Para el traslado de la carga desde lugar de arribo a depósito o zona franca en la misma jurisdicción aduanera)
3. Factura de nacionalización (en los casos en que la norma lo exija)